<p>大學(xué)公園，賓夕法尼亞州-賓夕法尼亞州立大學(xué)微生物組中心與計(jì)算機(jī)科學(xué)、工程和生物學(xué)副教授、賓夕法尼亞州立大學(xué)哈克生命科學(xué)研究所聯(lián)合雇傭的David Koslicki的實(shí)驗(yàn)室合作，向賓夕法尼亞州立大學(xué)所有教職員工和學(xué)生免費(fèi)提供基因和基因組京都百科全書(KEGG)。該數(shù)據(jù)庫可以通過在賓夕法尼亞州立大學(xué)微生物組中心KEGG鏡像站點(diǎn)上使用賓夕法尼亞州立大學(xué)的證書登錄訪問。</p> <p>&nbsp;</p> <p>KEGG是一個(gè)人類策劃的數(shù)據(jù)庫，用于生命科學(xué)的所有主要領(lǐng)域，以預(yù)測和了解植物、動(dòng)物和微生物的代謝途徑，這些代謝途徑驅(qū)動(dòng)研究人員在生物體、種群或社區(qū)水平上看到的特征和生物影響。它是一個(gè)綜合性的資源，旨在提供細(xì)胞中基因、蛋白質(zhì)和小分子之間分子相互作用的全局視圖。它包含了無數(shù)的生物信息，包括基因組、生物途徑、疾病、藥物和化學(xué)物質(zhì)，并用于大規(guī)模的大數(shù)據(jù)分析，從宏基因組學(xué)到代謝組學(xué)、基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)，Koslicki說。</p> <p>&nbsp;</p> <p>Koslicki說:&ldquo;我對開發(fā)一種進(jìn)行宏基因組功能分析的工具很感興趣，我們從微生物群落中提取DNA，然后確定樣品中存在哪些基因，以了解該群落能夠做什么。&rdquo;&ldquo;為了做到這一點(diǎn)，我需要一個(gè)參考數(shù)據(jù)庫，其中包含我們所知道的所有基因的信息，它們之間的關(guān)系，以及它們的功能。KEGG是最自然的選擇，因?yàn)樗亲罟爬稀⒆顖?jiān)固的生物信息學(xué)存儲(chǔ)庫之一，可以追溯到1995年，它已經(jīng)被用于許多發(fā)現(xiàn)。&rdquo;</p> <p>&nbsp;</p> <p>Kosllicki說，該數(shù)據(jù)庫還包括基因表達(dá)、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用和小分子-蛋白質(zhì)相互作用的信息。這對于了解毒素和抗菌化合物的生物合成、營養(yǎng)循環(huán)等都很重要。</p> <p>&nbsp;</p> <p>Koslicki說:&ldquo;然而，KEGG是一種基于訂閱的服務(wù)，很難獲得資金來支持訪問這些類型的存儲(chǔ)庫。&rdquo;&ldquo;事實(shí)證明，機(jī)構(gòu)訂閱的費(fèi)用并不比個(gè)人訂閱高得多，所以我聯(lián)系了微生物組中心主任Seth Bordenstein和Dorothy Foehr Huck和J. Lloyd Huck在微生物組科學(xué)中擔(dān)任捐贈(zèng)主席，他非常支持不僅向微生物組中心的其他成員提供這種資源，而且還向更廣泛的賓夕法尼亞州立大學(xué)社區(qū)提供這種資源。塞斯馬上就投入了這個(gè)項(xiàng)目，他看到了它可能帶來的價(jià)值，讓賓夕法尼亞州立大學(xué)的這么多研究人員可以用相對較小的投資獲得它，這真是太棒了。&rdquo;</p> <p>&nbsp;</p> <p>除了數(shù)據(jù)庫資源外，KEGG還提供了許多用于分析和解釋生物數(shù)據(jù)的計(jì)算工具。這些工具包括KEGG Mapper，它允許用戶可視化和分析路徑和網(wǎng)絡(luò);KEGG Orthology (KO)數(shù)據(jù)庫，提供蛋白質(zhì)之間進(jìn)化關(guān)系的信息;以及KEGG自動(dòng)注釋服務(wù)器(KAAS)，它可以注釋新測序的基因組。</p> <p>&nbsp;</p> <p>&ldquo;微生物組中心是一個(gè)社區(qū)，作為我們微生物世界的研究、教育和合作的標(biāo)準(zhǔn)承載者，進(jìn)入了下一個(gè)層次，&rdquo;Bordenstein說，他也是生物學(xué)和昆蟲學(xué)教授。&ldquo;憑借大衛(wèi)在計(jì)算微生物組科學(xué)方面的遠(yuǎn)見卓見，以及該中心對資源創(chuàng)新的優(yōu)先考慮，我們現(xiàn)在可以免費(fèi)訪問一個(gè)卓越的數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)庫，用于集成基因組學(xué)、化學(xué)和生命生物系統(tǒng)的功能信息。我們期待著KEGG的大規(guī)模內(nèi)容對賓夕法尼亞州立大學(xué)的發(fā)現(xiàn)、論文和資助的影響。&rdquo;</p> <p>&nbsp;</p> <blockquote> <p>注：本文由院校官方新聞直譯，僅供參考，不代表指南者留學(xué)態(tài)度觀點(diǎn)。</p> </blockquote>